氣力輸送系統中旋風除塵器常出現的故障是除塵效率不高，其甚至發生大量輕聲雜質隨空氣飛揚到屋頂上，嚴重污染大氣，影響環境衛生。其原因主要是除塵器下面的出灰口沒有裝閉風設備，或閉風設備失靈，以致有大量空氣從出灰口倒吸進去；或者是灰雜未能順利排出引起除塵器內部堵塞。
閉風設備可采用關風器或壓力門，也可采用密閉灰箱。為便于清積存的灰雜，應在箱內另外裝置一容器(例如麻袋)，直接套在落灰管上。麻袋要定時更換，防止裝滿后造成集塵器堵塞。在更換麻袋時，可暫時關閉落灰管上的插板。待換上空麻袋并關上排灰量不大的場合。
除塵器下面落灰管的斜度，至少應在50度以上。落灰管的直徑至少應在100毫米以上。否則管內灰塵容易搭橋，引起堵塞。
對于并聯使用的旋風除塵器，其進風口處應裝設檢查門，以便清進口處的堵塞物。
除塵器的出風口如果須直接通向屋頂，則應裝設能隨風轉動的彎頭形風帽。不宜裝設其它傘形風帽。
旋風除塵器只有裝用正確才能發揮效率，僅從型式上斤斤計較是無濟于事的。由于它對微小塵粒的除塵能量有限，所以還需配合采用其它除塵設備。
旋風除塵器排出后壓入布袋除塵器主要是用來對含塵空氣進行二次凈化的，這一點須首先明確，否則它的操作問題難以解決。壓入布袋除塵器常見的故障是，除塵布袋孔眼被逐漸積聚的灰塵堵塞，以致空氣不易通過，阻力增大，使整個管網的風量減少，影響吸塵效果。操作的中心目標，是要加強對除塵布袋的清理，盡量減輕其負荷，清理的方法，有些雖然采用機械自動清理，但還應配合定期的人工清理。為減輕負荷，一是盡量采用較多的除塵布袋，另外是在布袋除塵器前面要先串聯旋風除塵器以除去粗大灰塵。
除塵布袋的固定應保持垂直，上下兩端要箍緊，以防脫落。除塵布袋的松緊程度要合適；拉得過緊，會使織物孔眼增大，降低除塵效率；拉得過松，會使除塵布袋下部曲折扭轉，引起灰塵堵塞。應經常檢查除塵布袋有無脫落或破損，并及時修理或更換。
吸入布袋除塵器是結構完善、效率較高的除塵器。但由于它裝設在吸氣管道，且靠近通風機進口，負壓較大，所以須特別注意它的密閉性。它的抖動機構應經常檢查，保持靈活完好。
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